Идея создания Центра вызревала постепенно. Еще в 1989 г. в известном письме «Медлить нельзя» («Советская культура» 29 июля 1989 г.) С.Н.Рерих, выдвигая задачу создания общественного Центра-Музея им. Н.К.Рериха, отметил, что Центр должен быть культурно-просветительским и научным учреждением, задачей которого могло бы стать не только изучение многогранного наследия Н.К. и Е.И. Рерихов, но и развитие заложенных в этом наследии идей.

 В 1993 г., выступая с заключительным словом перед участниками конференции «Космическая эволюция человечества в свете энергетического мировоззрения Живой Этики», Л.В.Шапошникова предложила обсудить идею создания международного совета по исследованию и популяризации Живой Этики. Приблизительно в то же время член-корреспондент РАН С.П.Курдюмов в записке, адресованной в МЦР, предлагал установить тесное сотрудничество между МЦР и учеными, работающими в русле нового мышления. В 2001 году президент Российской академии космонавтики им. К.Э.Циолковского В.П.Сенкевич выступил с предложением: учитывая многолетнее сотрудничество академии и МЦР, закрепить и оформить его путем создания совместного научного центра. Эта идея была поддержана Генеральным директором Центра-Музея им. Н.К.Рериха Л.В.Шапошниковой, которая предложила в качестве первого шага провести широкую научную конференцию по проблемам космического мышления. Конференция проходила в МЦР в период с апреля по октябрь 2003 года. Было проведено 8 секционных и одно пленарное заседание («Культура и время», 2004, № 1).

 В работе секций и пленарном заседании приняли участие свыше 900 человек. В том числе 13 академиков, 87 докторов наук и профессоров, 39 кандидатов наук. Было прочитано 125 докладов, в том числе на пленарном заседании 22 доклада.

 Наряду с российскими в конференции участвовали ученые из стран СНГ и Балтии, а также Болгарии, Великобритании, Чехии, Германии, Индии, США, Италии, Ливана, Финляндии.

 В докладах подчеркивалась необходимость ввести Живую Этику в научный оборот.

 В резолюции, принятой на пленарном заседании, содержалась рекомендация «учредить на базе МЦР комплексный научный центр по изучению космического мышления». Для реализации этого решения предлагалось в трехмесячный срок создать Организационный комитет из представителей организаций-участниц конференции, которому поручалось разработать концепцию деятельности центра по изучению космического мышления. Во исполнение этого решения в 2003 году был создан Оргкомитет под председательством Л.В.Шапошниковой, впоследствии преобразованный в Правление ОНЦ КМ. В течение 2004 года разработана концепция Центра, намечены основные направления исследований, определена структура Центра, назначены руководители секций, сформирован Ученый Совет Центра, разработано Положение об Ученом Совете и Устав Центра. Сформирована редколлегия Трудов Центра, подготовлен 1-й том Трудов, посвященный памяти С.П.Курдюмова.

 В октябре 2005 г. вышла книга «Объединенный Научный Центр проблем Космического Мышления», в которой излагается концепция Центра, опубликован Устав и другие правоустанавливающие документы.

 20 декабря 2005 г. состоялось первое заседание Ученого совета ОНЦ КМ. За три года (2005 – 2007) научные направления деятельности ОНЦ КМ в основном определились: проведение ежегодных научно-общественных конференций (совместно с МЦР и др. организациями), работа семинара по космическому мышлению, издательская деятельность, просветительская работа, образовательные программы, работа с детьми и молодежью. Основная работа ведется в научных секциях ОНЦ КМ. Результаты научно-исследовательских работ отражены в публикациях. В 2004 – 2006 гг. (включая период формирования) членами Ученого Совета ОНЦ КМ и членами секций опубликовано 26 книг и более 250 статей (включая интервью); в 2007 г. – 17 книг (монографии, сборники, учебные пособия), 132 статьи, 4 другие публикации.

Вместе с тем выявились и некоторые негативные тенденции. Опыт работы ОНЦ КМ показал, что его статус не вполне соответствует задачам Центра. ОНЦ КМ не является юридическим лицом. Это общественная организация, действующая на базе Международного Центра Рерихов. За три года Центру не удалось найти независимые источники финансирования. На заседании Ученого совета 18 декабря 2007 года было решено обсудить вопрос о статусе ОНЦ КМ на ближайшем заседании Правления.

14 января 2008 г. Правление ОНЦ КМ приняло решение о необходимости войти в состав МЦР на правах отдельного подразделения с сохранением основной структуры ОНЦ КМ и Ученого совета в качестве высшего руководящего органа ОНЦ КМ. Правление обратилось к руководству МЦР с просьбой рассмотреть вопрос о статусе ОНЦ КМ в составе МЦР.

В результате рассмотрения было принято следующее решение.

ОНЦ КМ входит в состав МЦР на правах отдельного подразделения, при этом сохраняется его название: «Объединенный научный центр проблем космического мышления». ОНЦ КМ в составе МЦР действует на основании «Положения об Объединенном научном центре проблем космического мышления». Цели и задачи ОНЦ КМ остаются прежними.

Высшим органом, руководящим научной деятельностью ОНЦ КМ, остается Ученый совет, действующий на основании «Положения об Ученом совете Объединенного научного центра проблем космического мышления». В период между заседаниями Ученого совета руководство осуществляет Президиум ученого совета в составе: председатель ученого совета, заместители председателя, ученый секретарь, руководитель ОНЦ КМ. Правление ОНЦ КМ ликвидируется. Научно-организационное и оперативное руководство деятельностью ОНЦ КМ осуществляется руководителем ОНЦКМ. Руководитель назначается руководством МЦР по представлению Президиума ученого совета.

Уточнена Структура ОНЦ КМ.

Эти решения одобрены на заседании Ученого совета ОНЦ КМ 24 июня 2008 года.