Идея создания Центра вызревала постепенно. Еще в 1989 г. в известном письме «Медлить нельзя» («Советская культура» 29 июля 1989 г.) С.Н.Рерих, выдвигая задачу создания общественного Центра-Музея им. Н.К.Рериха, отметил, что Центр должен быть культурно-просветительским и научным учреждением, задачей которого могло бы стать не только изучение многогранного наследия Н.К. и Е.И. Рерихов, но и развитие заложенных в этом наследии идей.

 В 1993 г., выступая с заключительным словом перед участниками конференции «Космическая эволюция человечества в свете энергетического мировоззрения Живой Этики», Л.В.Шапошникова предложила обсудить идею создания международного совета по исследованию и популяризации Живой Этики. Приблизительно в то же время член-корреспондент РАН С.П.Курдюмов в записке, адресованной в МЦР, предлагал установить тесное сотрудничество между МЦР и учеными, работающими в русле нового мышления. В 2001 году президент Российской академии космонавтики им. К.Э.Циолковского В.П.Сенкевич выступил с предложением: учитывая многолетнее сотрудничество академии и МЦР, закрепить и оформить его путем создания совместного научного центра. Эта идея была поддержана Генеральным директором Центра-Музея им. Н.К.Рериха Л.В.Шапошниковой, которая предложила в качестве первого шага провести широкую научную конференцию по проблемам космического мышления. Конференция проходила в МЦР в период с апреля по октябрь 2003 года. Было поведено 8 секционных и одно пленарное заседание. («Культура и время», 2004, № 1).

В работе секций и пленарном заседании приняли участие свыше 900 человек. В том числе 13 академиков, 87 докторов наук и профессоров, 39 кандидатов наук. Было прочитано 125 докладов, в том числе на пленарном заседании 22 доклада.

 Наряду с российскими в конференции участвовали ученые из стран СНГ и Балтии, а также Болгарии, Великобритании, Чехии, Германии, Индии, США, Италии, Ливана, Финляндии.

 В докладах подчеркивалась необходимость ввести Живую Этику в научный оборот.

 В резолюции, принятой на пленарном заседании, содержалась рекомендация «учредить на базе МЦР комплексный научный центр по изучению космического мышления». Для реализации этого решения предлагалось в трехмесячный срок создать Организационный комитет из представителей организаций-участниц конференции, которому поручалось разработать концепцию деятельности центра по изучению космического мышления. Во исполнение этого решения в 2003 году был создан Оргкомитет под председательством Л.В.Шапошниковой, впоследствии преобразованный в Правление ОНЦ КМ. В течение 2004 года разработана концепция Центра, намечены основные направления исследований, определена структура Центра, назначены руководители секций, сформирован Ученый Совет Центра, разработано Положение об Ученом Совете и Устав Центра. Сформирована редколлегия Трудов Центра, подготовлен 1-й том Трудов, посвященный памяти С.П.Курдюмова.

 В октябре 2005 г. вышла книга «Объединенный Научный Центр проблем Космического Мышления», в которой излагается концепция Центра, опубликован Устав и другие правоустанавливающие документы.

 20 декабря 2005 г. состоялось первое заседание Ученого Совета ОНЦ КМ, на котором был принят план работы Центра на 2006 год.